Το 1ο ΕΚ Μυτιλήνης ιδρύθηκε με την απόφαση Γ2/817/7-3-1990 του Τμήματος Μελετών της Διεύθυνσης Σπουδών Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης του Υπουργείου Εθνικής Παιδείας & Θρησκευμάτων με αρχική επωνυμία 1ο Σχολικό Εργαστηριακό Κέντρο (ΣΕΚ) Μυτιλήνης. Η επωνυμία του σχολείου άλλαξε στη σημερινή της μορφή βάσει της παρ. 8 του αρ. 46 του ν. 4186/2013 (ΦΕΚ 193/τ. Α’/17.9.2013).
